國當國相的時候就有造反的意思，這一條估計沒有多少人會相信，孔融沒有那麼大的抱負，他連北海國相都當不好，哪敢謀反？
第二條：“後來又與孫權的使者暗中來往，對朝廷進行誹謗。”從官渡之戰後到赤壁之戰前，孫權一直表面臣服於朝廷，經常派使者到許縣來，孔融倒是有很多機會跟孫權的使者接觸，但有沒有上述問題，這誰也說不清。
第三條：“孔融身為朝廷部長級官員（身為九列），不遵照朝廷禮儀，經常戴個禿巾，穿著很隨便的衣服在宮廷裡走來走去（禿巾微行，唐突宮掖）。”孔融有大名士的作派，別人開會穿正裝打領帶，他偏偏愛穿穿夾克和牛仔褲，這種情況完全可能。
第四條：“跟狂士禰衡在一塊胡說八道（跌蕩於言），說什麼‘父之於子，有什麼親情可言？只不過是情慾的產物而已；子之於母，也是一樣，就像一件東西被放在筐裡，拿出來以後就沒有關係了’。他與禰衡互相吹捧，禰衡說孔融是‘仲尼不死’，孔融吹禰衡為‘顏回復生’。”孔融跟禰衡的關係盡人皆知，曹操不喜歡禰衡，但並沒有治他的罪，孔融跟他交往應該是沒有問題的，至於人家喜歡互相表揚一下，似乎也不關別人的事。
上面這四條罪狀裡，第一條根本已無從查證，推斷起來恐怕是子虛烏有；第二條含含糊糊，似有似無；第三條可能屬實，但屬於小問題，批評教育即可，用不著大做文章；第四條倒是一把殺人的刀，因為它涉及倫理，這是可大可小的事，上升到朝廷律法上來判斷，既可以批評教育、下不為例，也可以罰工資、扣獎金，也可以判個三年五年，甚至十年八年，但不幸的是，也可以判處死刑。
朝廷的律法就是這樣，遇到模糊的東西就有模糊的處理辦法，司法的量裁區間大得要命，就看你怎麼認識了。
也就是說，孔融如果犯了上面所列的部分錯誤，處理起來既可以給他來個誡免談話，讓他以後注意；也可以直接砍他的頭，讓他以後想注意也沒有機會了。
在郗慮看來，孔融的上述種種罪狀實在罪大惡極，他建議將其判處重刑，立即誅殺（宜極重誅）。
曹操正忙著南下，沒有功夫細看細審，直接替獻帝做主，進行了批示：判處孔融死刑，立即執行。
建安十三年（208年）八月，孔子的第二十世孫、名動天下的大名士、朝廷九卿之一的少府卿孔融因郗慮的告發而下獄，隨即被殺，死時五十五歲。
其實，曹操早就想殺孔融，因為孔融得罪他不是一天兩天了。另一方面，孔融對曹操也早就心生不滿，有意跟他對著幹。
一個是大權在握，礙於對方的名望一忍再忍；一個是大名遠揚，仗著自己人氣很高無所顧忌。
曹操曾頒佈過《禁酒令》，目的是節約有限的糧食，保證戰爭所需。孔融給曹操寫信非要爭論一番，他從堯舜到先賢，到他的祖上孔子，再到劉邦、樊噲、袁盎引了一大堆古人，其中不乏有名的酒鬼，說明飲酒的必要性和重要性，純粹是想攪局。
他是大名士，曹操還不能不回答，曹操耐著性子給孔先生回了封信，闡明禁酒的現實意義，哪知孔融不讓理，一連給曹操回了好幾封信，語氣越來越不友好（頻書爭之，多侮慢之辭）。
曹操與袁紹相爭於官渡，孔融不出來幫忙也就算了，他還說風涼話，大談什麼和平主義，勸曹操不要興兵。
前面提到，曹操想恢復古代的九州制，孔融馬上對著幹，提出要恢復古制就一塊恢復，比如古制中的王畿之制，以天子為中心，千里之內應由天子直接管理，不能封給別人，導致九州制泡湯，曹操的不滿可想而知。
最讓曹操不能容忍的是孔融也搞人身攻擊，曹操娶兒媳婦孔融也不放過，要嘲諷一番。據《後漢書孔融傳》記載，建安九年（204年）曹操攻下鄴縣後，十八歲的曹丕看上了二十三歲的甄宓，把她娶回家。孔融聽說後給曹操寫來一封信，卻不是來賀喜的。
孔融在信裡陰陽怪氣，說了一句話叫“武王伐紂，以妲己賜周公”，這一句出自何典、又是何意，連飽讀詩書的曹操也一頭霧水。後來曹操見到孔融，當面請教這出自哪個典故，孔融回答說：“是根據當時的事情，順手現編的（以今度之，想當然耳）。”
周公是武王的弟弟，妲己是殷紂王的愛妾，武王並沒有把妲己賜給周公，所以曹操翻遍史書也找不出來這是什麼典故，竟然是孔融這小子現編的，把曹操比做武王，曹丕比做周公，甄宓比做妲己。
武王跟周公是兄弟，曹操跟曹丕卻